У ТОПАС працюють два типи бактерій, Аеробні та анаеробні. У кожній камері вони активізуються і працюють по черзі. Залежно від фази роботи станції кисень подається в різні відсіки поперемінно. При подачі кисню в камеру в ній активізуються аеробні і «засинають» анаеробні.