У разі ендотрофную мікориза, Гриб розташовується в тканинах коренів рослин і виходить назовні лише незначно. При цьому корінь має нормальні кореневі волоски. Важливо відзначити, що всі трав’янисті рослини синтезують тільки з мікроскопічними грибами, які не створює плодових тіл в принципі.