Основна причина появи гнилей – заражений грунт. До початку осені в ньому багато шкідливих бактерій, які розмножувалися все літо. також у помідорів значно послаблюється імунітет у зв’язку з похолоданням і скороченням світлового дня. Надмірна вологість в теплиці теж сприяє розмноженню патогенів.